La Basilica di Santa Maria degli Angeli si trova nella pianura che si apre ai piedi del colle di Assisi a protezione della Porziuncola, dove San Francesco avrebbe fondato il primo nucleo dell'Ordine dei Frati Minori nel 1209 e della cappella del Transito dove il santo morì il 3 ottobre 1226.
La Basilica è di imponenti dimensioni (è la settima in ordine di grandezza fra le chiese cristiane).
Papa Pio IV fece iniziare nel 1569 la costruzione, su progetto di Galeazzo Alessi, che però si protrasse fino al 1667 (cupola). Il campanile fu aggiunto solo nel 1684, il suo gemello rimase incompiuto.

L'interno ha una struttura semplice ed è impreziosito dalla tavola di Ilario da Viterbo, datata 1393, sempre sul tema del Perdono di Assisi. Essa si compone di alcuni riquadri riferiti all'Indulgenza, all'Annunciazione e a scene francescane. Vicina alla Porziuncola, appena varcata la zona absidale della Basilica Patriarcale, si osserva la Cappella del Transito, così denominata perché qui spirò Francesco la sera del 3 ottobre 1226.
Al centro del transetto sorge la Porziuncola, una piccola costruzione in pietra che nel corso dei secoli non ha subìto alcuna variazione strutturale. Sono stati aggiunti, invece, alcune decorazioni pittoriche e il pinnacolo sul culmine del tetto. L'affresco posizionato sulla parete anteriore, sul tema dell'Indulgenza del Perdono, è stato compiuto nel 1830 da Federico Overbek mentre quello situato sopra la piccola abside è oggetto di attribuzione. Si è persino ipotizzata la mano del Pinturicchio.
Nella stessa Basilica, dietro alla Porziuncola, a destra, si trova la piccola cappella del Transito. In questo luogo, la sera del 3 ottobre 1226, Francesco di Assisi, cantando a sorella morte, rese l'anima al Signore. All'interno dell'ambiente, oltre alla pregevole Statua del Santo in terracotta, di Andrea della Robbia, e al Cordiglio dello stesso, sono i bei dipinti dello Spagna rappresentanti i Primi compagni di San Francesco e i Primi Santi dell'Ordine.

All'esterno sono due affreschi di Domenico Bruschi (1886) raffiguranti la Morte e i Funerali del Santo. All'esterno, si visita il Roseto senza spine e la Cappella del Roseto, composta da tre ambienti: il primo, fatto aggiungere da S. Bernardino da Siena, e il secondo, fatto erigere da S. Bonaventura, recano affreschi di Tiberio d‘Assisi (1505-16), il quale ha ripetuto il tema a S. Fortunato a Montefalco.

Il recente terremoto del '97 ha gravemente danneggiato la Basilica che però è stata prontamente riparata.