San Rufino è, per tutti, "l'altro" Santo di Assisi. Egli fu Vescovo della città di Amasia nel Ponto e, dopo varie vicissitudini, arrivò da solo a predicare il Vangelo ad Assisi diventandone, per il folkclore locale, il primo Vescovo.

La chiesa romanica di San Rufino fu fatta costruire dal vescovo Chiarissimo nel 1134 ad opera di Giovanni da Gubbio e fu fatta consacrare da Papa Innocenzo IV nel 1253. La facciata si presenta in classico stile romanico umbro-spoletino ed è riccamente scolpita. Un cornicione decorato da figure di animali mostruosi conclude il primo ordine a riquadri.
La facciata è composta da tre sezioni di cui le prime due divise da lesene verticali che forniscono slancio alla chiesa. La sezione più bassa è intervallata da riquadri che si fanno più ampi tanto più ci si avvicina agli archetti che delimitano la zona mediana.

Il Presbiterio è sovrastato da una bella cupola rinascimentale ed ha una forma ottagonale, con piccoli passaggi laterali che aprono alle navate. All'interno di esso vi sono alcune opere di Dono Doni (tra cui la Deposizione e Crocifissione), la Tomba di S. Vitale (1370). Sotto l'altare principale è la Tomba di S. Rufino. Nell’abside, un bel coro ligneo intagliato e intarsiato, di Giovanni di Pier Jacopo da S. Severino Marche.
Dal presbiterio si apre anche la Cappella del Pianto, chiamata così perché vi è contenuta la copia in legno di una scultura in terracotta rappresentante una Pietà del secolo. XV. Tradizione vuole che dagli occhi della Madonna, alla fine del Quattrocento, siano uscite alcune lacrime.

Infine c'è la Cripta, che si snoda sotto la cattedrale ed è composta da tre navate con volte a crociera ed abside. In essa è un sarcofago di epoca romana (III secolo) ove furono sistemate le spoglie di San Rufino. È qui il Pozzo della Mensa di epoca medioevale, profondo 28 m. A lato del pozzo sono i resti di un chiostro di epoca carolingia (X sec.). Nella volta dell’abside sono conservati resti di affreschi con i simboli degli Evangelisti (XI-XII secolo).