La Basilica di San Francesco è il simbolo di Assisi, nonchè uno dei santuari più venerati dell’intera cristianità; vide la luce nel 1228, due anni dopo la morte del Santo e si compone di due chiese sovrapposte - l'inferiore (1228-1230) e la superiore (1230-1253) - e una cripta, scavata nel 1818, con la tomba del Santo. La facciata ripete gli schemi del romanico, semplice e lineare, con uno splendido rosone; umbro-gotica è soltanto la porta d’ingresso, bipartita, mentre lo stesso campanile, del 1239, è romanico.

La Basilica superiore, realizzata in perfetto stile gotico è celebre in tutto il mondo per gli affreschi di Cimabue e quelli di Giotto, raffiguranti la vita di San Francesco.

Esternamente la chiesa presenta una semplice facciata con timpano e rosone, fiancate scandite da contrafforti in forma di torri, abside con basamento circolare e parte alta poligonale fiancheggiata da due torri.

il complesso basilicale comprende anche:

- IL SACRO CONVENTO: gli edifici conventuali comprendono un refettorio, decorato nel Trecento da Fra Martino e un chiostro che presenta archi ad ogiva in pietra bianca e rossa.
- IL CORO LIGNEO: tardo quattrocentesco è di Apollonio Petrocchi da Ripatransone.
- IL CIMITERO DEI FRATI: vi si accede dalla Cappella di S. Antonio Abate. Costruito nel XIV secolo e poi ingrandito, si presenta come un piccolo chiostro a due logge sovrapposte. Da un cancello in ferro battuto si possono ammirare il lato nord della Basilica ed il giardino dei novizi.
- IL CHIOSTRO DI SISTO IV: è così chiamato dal Pontefice che curò l'erezione della loggia superiore. Il cortile ospitare il celebre Museo della Basilica, riaperto nel 1977.
- LA COLLEZIONE PERKINS: costituita da opere di maestri italiani, specie senesi, fiorentini, veneziani, veronesi ed emiliani. E’ la collezione privata di 57 pezzi, appartenuta al critico d'arte Federico Mason Perkins (1874-1955). Riconoscente all' Italia tutta, ma soprattutto ad Assisi - dove ricevette il battesimo cattolico col nome di Francesco - il Perkins donò questo grande tesoro al Sacro Convento.

Il terremoto che colpì tutta l’Umbria nel 1997 provocò, oltre alla morte di alcune persone all’interno della Basilica, anche il crollo di parte degli affreschi, oggi restaurati.