La Pinacoteca Comunale di Assisi è stata sistemata nel 1933 al pian terreno del Palazzo dei Priori, si formò nel 1912 ad opera dell'accademia Properziana del Subasio per riunire gli affreschi staccati da chiese, confraternite, oratori e porte assisane, in gran parte di scuola umbra dal XIII al XVII secolo. Dopo l'ottobre del 1997 il museo è stato chiuso e le opere son state spostate.

Tra le opere principali di questa pinacoteca vanno sicuramente annoverate: frammenti di un ciclo di affreschi provenienti dal Palazzo del Capitano del popolo con temi profrani influenzati dalla pittura gotica d'Oltrealpe, datati intorno al terzo quarto del XIII secolo (Corteo Cavalleresco, ciclo dei mesi); Madonna in maestà della bottega di Giotto, proveninente dallo stesso palazzo; Crocifisso attribuito al maestro espressionista di S. Chiara, dalla chiesa di S. Apollinare; Tre figure di armati, frammento staccato dalla chiesa di S. Caterina, dell'inizio del '300; Madonna col bambino e S. Francesco, frammento di una Maestà di Puccio Capanna, dalla scomparsa di Porta S. Rufino, due affreschi di Pace di Bartolo, raffiguranti Madonna col bambino e Angeli e Orazione nell'Orto; S. Onofrio e S. Biagio, aggreschi votivi di seguage del maestro Espressionista di S. Chiara. A Ottabiano Nelli o alla bottega spettano gli afrreschi staccati dalla facciata dell'ospedale dei Pellegrini: Annunciazione, Madonna in Trono col bambino tra i Ss Giacomo e Antonio abate (in restauro).